Từ rất sớm, EFEO đã được giao nhiệm vụ bảo tồn, bảo tàng và họ đã thực hiện cho tới khi rời Sài Gòn năm 1961. Hà Nội - thủ phủ hành chính của Đông Dương thời kỳ đó, đã được chọn để xây dựng một bảo tàng Đông Dương tầm cỡ. Bảo tàng được xây dựng năm 1908 bên bờ sông Hồng, tại vị trí của Phủ toàn quyền cũ, nhưng ngay năm sau được thay đổi thành Bảo tàng khảo cổ học và dân tộc học. Với số lượng bộ sưu tập ngày càng tăng, bảo tàng đã quyết định chuyển sang tòa nhà mới hoàn thành năm 1932 (rộng 2.200m2, phía sau Nhà hát Lớn Hà Nội) và lấy tên là Louis-Finot (tức cơ sở 1 của Bảo tàng Lịch sử Quốc gia ngày nay). Đây là bảo tàng lớn nhất và quan trọng nhất do EFEO lập tại ViệtNam. Trong suy nghĩ của các nhà thiết kế, bảo tàng phải bảo đảm các công năng mở rộng không gian trưng bày, cung cấp các cửa hàng, kho và phòng thí nghiệm, và đặc biệt phải thu hút sự quan tâm của các nhà khoa học và công chúng châu Âu đối với các nền văn hóa châu Á. Bảo tàng được xây dựng theo phong cách Đông Dương, đường nét kiến trúc là sự tổng hợp Đông - Tây. Bảo tàng khánh thành năm 1931 với tên gọi Louis-Finot để tưởng nhớ cựu Giám đốc EFEO. Ngay từ khi ra đời, Bảo tàng Louis-Finot đã tích cực trao đổi với các bảo tàng ở châu Á và châu Âu, như Bảo tàng Guimet và Louvre. Di sản của EFEO chính thức được trao lại cho Việt Nam năm 1958. Ước tính hơn một nửa hiện vật của Bảo tàng Lịch sử Quốc gia thuộc các bộ sưu tập cổ của Bảo tàng Louis-Finot.
Góc trưng bày tại Bảo tàng Chăm, Đà Nẵng
Nghệ thuật Việt Nam được tôn vinh tại Bảo tàng Khải Định (nay là Bảo tàng Mỹ thuật Cung đình Huế), thành lập năm 1923 trong cung Long An, nội cung Huế. Chính vua Khải Định đã ra chỉ dụ và giám sát việc xây dựng bảo tàng. Bộ sưu tập trưng bày trong bảo tàng gồm quà tặng của Hội Những người bạn Huế xưa và hiện vật cổ. Tại Sài Gòn, Bảo tàng Blanchard-de-la-Brosse khánh thành năm 1929, cũng được thiết kế theo phong cách Đông Dương, sở hữu bộ sưu tập tư nhân khổng lồ của dược sĩ Victor Holbé với hơn 2.000 hiện vật bao trùm toàn bộ về châu Á. Bảo tàng, nay là Bảo tàng Lịch sử Việt Nam tại TP Hồ Chí Minh, thu nhận và phát huy giá trị bộ sưu tập, nhanh chóng trở thành bảo tàng có nhiều khách thăm quan nhất của EFEO. Ngoài ra còn có Bảo tàng Khảo cổ học Thanh Hóa, nhỏ hơn, được thiết kế năm 1936, trưng bày những hiện vật của thời kỳ đồ đồng. Hiện vật tìm thấy trong cuộc khai quật ở Đông Sơn từ năm 1924 - 1928 vẫn hoàn toàn nguyên vẹn, trong đó có trống đồng. Người đầu tiên lãnh đạo Bảo tàng là É. Pajot - một nhân viên hải quan đam mê tiền sử Đông Dương và là cộng tác viên của EFEO. Muộn nhất trong danh sách các bảo tàng của EFEO tại Việt Nam là dự án Bảo tàng Nhân học, mới chỉ nằm trên phác thảo. Tuy nhiên, đây là điều báo trước cho việc xây dựng Bảo tàng Dân tộc học Việt Nam (năm 1997), do chính người Việt Nam thực hiện.
Qua ảnh tư liệu của EFEO cho thấy, bên cạnh công tác bảo tàng, EFEO còn duy trì các xưởng phục chế. Tại đây, hiện vật được lập danh mục và chụp ảnh chính thức. Các bảo tàng hiện nay vẫn hoạt động, sở hữu những danh mục quý hiếm, trở thành điểm đến cho giới nghiên cứu và khách tham quan, cho thấy di sản của EFEO được giữ gìn và phát huy giá trị.
Người đại biểu nhân dân
