Mục tiêu của APU là tạo điều kiện đối thoại và hợp tác giữa các nghị viện thành viên nói riêng và giữa liên minh với các tổ chức nghị viện thế giới nói chung; Củng cố các thiết chế lập pháp ở châu Phi, nâng cao dân chủ, nhân quyền, thực hiện các mục tiêu của Tổ chức Liên minh châu Phi vì hòa bình bền vững. APU đã, đang và sẽ là khuôn khổ ưu tiên của đối thoại nghị viện, thúc đẩy hòa bình, dân chủ, tiến bộ xã hội, bảo đảm phát triển bền vững ở châu Phi. Để thực hiện những mục tiêu nói trên, APU đã xây dựng cho mình một chương trình hoạt động phong phú, đa dạng.

Hội nghị thường niên

Hội nghị thường niên của Đại hội đồng là kỳ họp quan trọng nhất, được giành để thảo luận các vấn đề thời sự liên quan đến các lĩnh vực chính trị, kinh tế, xã hội… của APU, châu Phi và thế giới, đồng thời, đưa ra những khuyến nghị đối với các chính phủ hoặc các tổ chức quốc tế liên quan.

Tại Hội nghị thường niên lần thứ 27, diễn ra tháng 11.2004 tại Algeria, APU đã thông qua 3 nghị quyết quan trọng bao gồm: Vai trò của các nghị viện khu vực trong việc thúc đẩy quản lý nhà nước; Hoạt động của phụ nữ tại cơ quan nhà nước: thách thức và chiến lược; Vai trò của các nghị viện châu Phi trong việc bảo đảm công bằng trong hoạt động thương mại quốc tế. Hội nghị lần thứ 28 năm 2005 lại tập trung vào 2 chủ đề: Vai trò của nghị viện trong phát triển con người; Mối quan hệ thúc đẩy dân chủ và gìn giữ hòa bình ở châu Phi.Hội nghị lần thứ 29 đã thông qua hai nghị quyết về Vai trò của Nghị viện trong tiến trình hòa giải dân tộc, gìn giữ và củng cố sự đoàn kết xã hội; Vai trò của Nghị viện trong thúc đẩy giáo dục và Văn hóa của châu Phi. Mới nhất là Hội nghị lần thứ 37 tại Morocco năm 2014.

Hội nghị liên khu vực

Ngoài các Hội nghị thường niên, APU còn phối hợp với Liên minh Nghị viện Ảrập tổ chức Hội nghị liên nghị viện Ảrập - châu Phi, diễn ra 2 năm một lần. Tại Hội nghị liên nghị viện Ảrập - châu Phi lần thứ 10 diễn ra tại Addis-Abéba, Ethiopia tháng 1.2003, các đại biểu đã thảo luận những vấn đề quan trọng trong quan hệ liên khu vực, đặc biệt là tình trạng chảy máu chất xám từ châu Phi sang các nước Ảrập Tây Á. Bên cạnh đó, Hội nghị cũng thảo luận biện pháp nhằm củng cố hợp tác giữa hai tổ chức tại Liên minh Nghị viện thế giới (IPU). Diễn ra trong bối cảnh tình hình Iraq đang căng thẳng (2 tháng trước khi Mỹ tấn công Baghdad), Hội nghị đã khẳng định sự ủng hộ đối với hòa bình và ổn định của Iraq, nhấn mạnh sự cần thiết phải tôn trọng chủ quyền, độc lập và toàn vẹn lãnh thổ của quốc gia này.

Hội nghị chuyên đề

APU đã tham gia tổ chức các hội nghị liên nghị viện về các chủ đề quan trọng trên cơ sở hợp tác chặt chẽ với Liên minh Nghị viện thế giới các tổ chức chuyên trách của LHQ như BIT, FAO, OMS, PNUD. Có thể kể một số hội nghị tiêu biểu như Hội nghị về việc làm ở châu Phi được tổ chức tại Dakar, Senegal vào tháng 10.1985; Hội nghị phát triển nông nghiệp và an ninh lương thực châu Phi tại Hararé, Zimbabwé, tháng 12.1986; Hội nghị với chủ đề Sức khỏe-cơ sở của sự phát triển ở châu Phi tại Brazaville, Congo, tháng 7.1988;Hội nghị về vai trò của nghị viện đối với việc thúc đẩy dân chủ ở châu Phi tại Hararé Zimbabwé, tháng 4.1998

Vào năm 2002, APU đã phối hợp với Ủy ban Chữ thập đỏ quốc tế (CICR) và Liên minh Nghị viện thế giới (IPU) tổ chức Hội nghị liên nghị viện lần thứ nhất về chủ đề Nhân quyền và biện pháp bảo vệ người dân ở các khu vực có xung đột. Năm 2004, Hội nghị liên nghị viện về vấn đề Người tị nạn ở châu Phi diễn ra tại Cotonou, Benin, trên cơ sở phối hợp giữa APU, Cao ủy Liên Hợp Quốc về người tị nạn (HCR) và IPU, đã thông qua một chương trình hành động cụ thể về vấn đề này.

 Ủy ban nghiên cứu

Để giúp hoạt động của APU hiệu quả và chuyên sâu, Đại hội đồng thành lập các Ủy ban Nghiên cứu thường trực hoặc lâm thời. Mỗi ủy ban bầu ra một Chủ tịch và một Thư ký, luân phiên theo khu vực địa lý. Chủ tịch Ủy ban là người khai mạc, bế mạc, hoãn các phiên họp; dẫn dắt công việc của Ủy ban, trao quyền phát biểu, đặt câu hỏi cho việc bỏ phiếu, thông báo kết quả kiểm phiếu. Trong quá trình xem xét các vấn đề đúng thẩm quyền được giao, các Ủy ban có thể mời tham gia hoặc hỏi ý kiến các cá nhân hoặc tổ chức ngoài Nghị viện nhưng có khả năng làm sáng tỏ những vấn đề đang gây tranh cãi này. Các Ủy ban chuẩn bị báo cáo và các dự thảo nghị quyết về những vấn đề mà Đại hội đồng đã giao. Sau khi dự thảo này được Đại hội đồng thảo luận và sửa đổi, Ủy ban là cơ quan hoàn thiện văn kiện cuối cùng.

Người đại biểu nhân dân