Theo Bộ Khoa học và Công nghệ, việc so sánh trực tiếp giữa các địa phương chỉ mang tính tương đối, không phải là mục đích chính của bộ chỉ số, bởi mỗi địa phương có các điều kiện, đặc điểm khác nhau và có định hướng phát triển khác nhau. Bộ chỉ số PII chỉ cung cấp căn cứ khoa học và các minh chứng về điểm mạnh, điểm yếu, về các yếu tố tiềm năng và các điều kiện cần thiết để phát triển kinh tế - xã hội dựa trên khoa học công nghệ và đổi mới sáng tạo của từng địa phương.

Trước đó, năm 2022 bộ chỉ số đã được xây dựng thử nghiệm với 20 địa phương. Sau khi có kết quả, Chính phủ đã giao Bộ Khoa học và Công nghệ "triển khai xây dựng Bộ chỉ số đổi mới sáng tạo cấp địa phương trên phạm vi toàn quốc từ năm 2023" (Nghị quyết số 10/NQ-CP ngày 3/2/2023). Học viện Khoa học Công nghệ và Đổi mới sáng tạo (Bộ Khoa học và Công nghệ) là đơn vị xây dựng bộ chỉ số. 

PII được xây dựng bám sát cấu trúc của bộ chỉ số đổi mới sáng tạo toàn cầu GII (Global Innovation Index) do tổ chức Sở hữu trí tuệ thế giới (WIPO) công bố hàng năm và được Chính phủ sử dụng trong quản lý, điều hành từ năm 2017. Các số liệu được thu thập từ các báo cáo thống kê, báo cáo quản lý chính thức của các cơ quan trung ương và địa phương; số liệu từ các bộ chỉ số khác (Cải cách hành chính; Năng lực cạnh tranh cấp tỉnh; Chuyển đổi số; Hiệu quả quản trị và hành chính công cấp tỉnh).