Khi mới thành lập, Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế chỉ quản lý di tích Nhà lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh tại làng Dương Nỗ. Sau 35 năm, Bảo tàng đã xác lập một hệ thống gồm 14 di tích và địa điểm di tích lưu niệm về Chủ tịch Hồ Chí Minh, trong đó có 4 di tích được Nhà nước công nhận là di tích lịch sử và di tích văn hóa nghệ thuật cấp quốc gia (Nhà lưu niệm Bác Hồ ở Dương Nỗ, Nhà lưu niệm Bác Hồ tại 112 Mai Thúc Loan, Đình làng Dương Nỗ và trường Quốc Học - Huế), 05 di tích cấp tỉnh (Địa điểm mai táng bà Hoàng Thị Loan, di tích Bến Đá, di tích Am Bà, Trường Tiểu học Pháp - Việt Đông Ba, Tòa Khâm sứ Trung Kỳ).

Quá trình nghiên cứu lập hồ sơ khoa học các di tích, Bảo tàng đã từng bước xác lập đầy đủ và chính xác về biên niên các sự kiện Bác Hồ ở Thừa Thiên Huế, cùng với các phương pháp điền dã, điều tra thực địa, tìm kiếm nhân chứng để từ đó hàng trăm câu chuyện kể về Bác Hồ thời kỳ ở Thừa Thiên Huế đã được ghi chép, biên tập; những địa danh cũ được xác minh để từ đó hình thành một hệ thống di tích về Chủ tịch Hồ Chí Minh, đánh dấu bước trưởng thành quan trọng trong chặng đường xây dựng và phát triển của Bảo tàng.

Cho đến nay, hệ thống Bảo tàng và di tích lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh ở Thừa Thiên Huế đã dần đi vào ổn định, hoàn thiện, công tác phát huy giá trị cũng được chú trọng đầu tư để các di tích thật sự đi vào đời sống cộng đồng, trở thành những địa chỉ tuyên truyền, giáo dục về thân thế, sự nghiệp, tư tưởng, đạo đức Chủ tịch Hồ Chí Minh, về truyền thống yêu nước và lòng tự hào dân tộc.

Trên nền 8 chủ đề trưng bày về thân thế, sự nghiệp, tư tưởng và đạo đức cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh đã được Bộ Chính trị phê duyệt, Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế tập trung các giải pháp trưng bày làm nổi bật hai nội dung chính: Những năm tháng Bác Hồ và gia đình ở Huế; Bác Hồ với Thừa Thiên Huế, Thừa Thiên Huế với Bác Hồ. Hiện nay, Bảo tàng trưng bày và lưu giữ gần 13.500 tư liệu, hiện vật với nhiều chủng loại, thể hiện sự đa dạng về loại hình, trong đó nhiều hiện vật quý đã được đưa vào trưng bày theo các chủ đề như: Sưu tập quà tặng Bác Hồ tặng cán bộ, chiến sỹ, nhân dân Thừa Thiên Huế; Sưu tập tem, tiền có hình ảnh Chủ tịch Hồ Chí Minh được nhân dân Thừa Thiên Huế lưu giữ qua hai cuộc kháng chiến; Sưu tập hiện vật để tang Chủ tịch Hồ Chí Minh năm 1969...

Ngày nay, Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế không chỉ là nơi sinh hoạt chính trị quan trọng, mà còn là nơi lưu giữ nhiều tư liệu, hiện vật về những năm tháng Bác Hồ sống ở Thừa Thiên Huế, là một địa chỉ thu hút công chúng trong và ngoài nước đến tham quan, học tập nghiên cứu về cuộc đời và sự nghiệp cách mạng vĩ đại của Chủ tịch Hồ Chí Minh. Đồng thời tổ chức trưng bày các chủ đề về văn hóa nghệ thuật để cho mọi người thưởng thức.

Từ khi khánh thành đến nay, Bảo tàng Hồ Chí Minh đón tiếp trên 3 triệu lượt khách, mỗi năm Bảo tàng tổ chức từ 5 - 7 cuộc triển lãm với nội dung phong phú, đa dạng, liên tục đổi mới giải pháp trưng bày ngày càng thu hút khách tham quan.

Theo ông Phan Tiến Dũng, Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh: Để bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế là một địa chỉ sinh hoạt chính trị quan trọng, một điểm đến hấp dẫn của công chúng, phục vụ tích cực cho việc phát triển du lịch. Trong thời gian tới, Bảo tàng cần tập trung cao chất lượng nội dung, không ngừng đổi mới phương pháp và hình thức trưng bày để bảo tàng thực sự mang tính hấp dẫn đối với du khách trong và ngoài nước; ưu tiên ứng dụng các thành tựu khoa học công nghệ trong lưu trữ và truy xuất dữ liệu, tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân trong quá trình nghiên cứu, tìm hiểu. Chú trọng công tác tuyên truyền, quảng bá về trưng bày, về các hoạt động của bảo tàng nhằm thu hút khách và tăng uy tín của bảo tàng. Phối hợp với các bảo tàng, nhà trưng bày và các hãng lữ hành, công ty du lịch xây dựng các tuyến tham quan du lịch kết hợp giữa Quần thể Di tích Cố đô Huế, hệ thống di tích lịch sử, cách mạng, danh lam thắng cảnh với các di tích lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh. Đồng thời phối hợp với các đơn vị trong hệ thống bảo tàng và các di tích lưu niệm về Chủ tịch Hồ Chí Minh trên toàn quốc xây dựng tour du lịch “Hành trình theo chân Bác” đến các địa phương ngày nay còn lưu giữ nhiều dấu ấn về Chủ tịch Hồ Chí Minh. Vận động sự tham gia tích cực của các tầng lớp nhân dân trong việc phát hiện, đóng góp, hiến tặng các hiện vật liên quan đến Chủ tịch Hồ Chí Minh.

Ở Thừa Thiên Huế, bên cạnh Di sản Văn hóa nhân loại, những Di tích lịch sử, cách mạng, và danh thắng, Bảo tàng Hồ Chí Minh và một hệ thống di tích gắn bó máu thịt 10 năm Bác Hồ và gia đình Người ở Huế là những địa chỉ đỏ, điểm đến hấp dẫn của khách du lịch trong nước và nước ngoài khi đến Huế.

Song Trần